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extra에서 최후의 성배전쟁에 승리한 키시나미 하쿠노(주인공)
문셀 내부에서 소원을 빌고(하쿠노의 소원은 원래 성배전쟁이 끝나면 리셋되는 데이터를 남겨주기를 원했다. 자세한 사항은 나무위키의 '달의 성배전쟁'란을 참고)
문셀은 우승자에게 '레갈리아'라는 반지를 준다.
이것은 사실 '벨버'라고 불리는 외계문명의 침략에 대응하기 위한 무기
문셀의 방대한 데이터 리소스를 사용할 수 있는 권한대행용 도구
문셀은 벨버의 존재와 그것이 세상의 멸망을 바란다는 점 등을 알려준다.
이것을 받은 하쿠노 앞에 시스템 관리자 아르키메데스가 나타나서
벨버의 첨병이 어느 구역에 있으니 가서 제거하자고 한다.
인류를 지키기 위해서 그 안에 들어간 하쿠노는
거인 알테라를 만나게 되고
아르키메데스가 사실 인류 멸망을 바라는 벨버쪽 서번트임을 알게 된다.
알테라에게 구속당한 하쿠노는 벗어나기 위해서 레갈리아의 힘을 이용,
자신을 정신, 혼, 육체로 3등분해 육체만 남기고 탈출한다.
그래서 정신은 메인 서번트인 네로에게
혼은 서브 서번트인 타마모에게
육체는 알테라에게 각각 나눠진다.
하쿠노와 각각의 서번트는 멸망을 막아내지만
아르키메데스는 평행세계를 이용, 다른 세계로 가서 다시 세계 멸망을 계획한다.
그러다가 알테라의 마스터, 육체의 하쿠노가 통합된 레갈리아를 이용, 다른 평행세계의 하쿠노에게
지금까지 일어난 일을 전송해서
모든 일을 알게된 정신의 하쿠노는 네로와 함께
아르키메데스의 야욕을 부수고 문셀과 세계를 지켜낸다
라는 내용이다.